В 2009 году американская ракета сбила  пассажирский авиалайнер в небе над Восточной Европой. Все, летевшие на этом авиарейсе погибли и правительство США официально заявили, что не имеют отношения к инциденту, но для расследования событий авиакатастрофы отправили своего агента — Майкла Тортона с заданием найти виновных. Однако как оказалось авиакатастрофа, это вершина айсберга и Майкл оказался в сложной паутине заговоров и интриг. Опасной не только для него, но и для мира в целом…

Игра состоит из ряда миссий вариантов выполнения, которых огромное множество от откровенно силовых, так и логических, требующих четкого расчета времени проведения и прохождения задания в целом. Ошибки не прощаются, хотя возможны варианты отхода с последующими попытками прохода миссии без перезагрузки игры.

Особенности игры:

Шпион. По ходу игры Майкл Тортон развивает свои навыки, осваивая новые техники ближнего боя, новые виды оружия, хитроумные устройства и различные умения.

Свобода выбора. Вы и есть Майкл Тортон, и только вам решать, как выполнять ту или иную задачу. Командование далеко, а вы в самом центре событий, так что право выбора — за вами. К любой цели в Alpha Protocol всегда ведет несколько путей.

Взаимодействие с окружающим миром. Взаимодействовать с врагами и союзниками можно множеством разных способов — от вашего поведения зависит развитие сюжета. Кроме того, поступки Тортона определяют, какие задания и виды оружия будут открыты, и какие союзники у него появятся.

Арсенал. Оружие и приспособления агента впечатлит даже самых взыскательных игроков. Благодаря обширным возможностям по настройке вооружения, каждый подберет себе комплект смертоносных приспособлений по вкусу.

Постоянный лимит времени! События развиваются в бешеном темпе, поэтому принимать каждое решение и совершать каждый поступок нужно очень быстро, но не опрометчиво. Чтобы выжить и спасти мир, вам придется научиться соображать быстро!

Реальный мир. Катастрофа мирового масштаба разыгрывается не где-то в далекой галактике, а в реальном современном мире. Вместе с Тортоном вы побываете в Риме, Тайбэе, Москве и даже в Саудовской Аравии.