Сюжет Republic Heroes основывается на киноленте «Войны клонов», а та, в свою очередь, на одноименном мультсериале, который транслировался на американском телеканале Cartoon Network. События игры происходят между «Атакой клонов» и «Местью ситхов». Республика все еще ведет войну с сепаратистами во главе с графом Дуку, а у Анакина неожиданно обнаруживается ученица, с которой они и помогают по возможности клонированным войскам Республики в их нелегком деле истребления сепаратистских дроидов. Очень скоро, впрочем, выясняется, что существует Ужасный Заговор, к которому как-то причастен таинственный охотник за головами. В программе поиск супероружия, бегство с космической станции и личная встреча с ученицей Дуку по фамилии Вескер.